Je ne vois pas, dans la phrase que vous citez, où Balzac aurait remplacé (arbitrairement) l’imparfait de l’indicatif par un subjonctif imparfait. Cette phrase est parfaitement correcte! Je n’y vois au demeurant aucun imparfait du subjonctif, mais deux fois le plus-que-parfait du subjonctif, utilisé, selon moi, tout à fait à bon escient. Le plus-que-parfait du subjonctif sert à exprimer une hypothèse irréelle, et c’est bien d’irréel qu’il s’agit ici: sans ces liens de famille (liens de famille qui existent réellement, supposer leur inexistence est pure hypothèse), la fierté du narrateur l’aurait empêché de fréquenter les maisons riches, à supposer (autre hypothèse irréelle) que le mépris (des gens riches envers le narrateur) n’avait pas déjà constitué au préalable une barrière infranchissable. L’irréel de la proposition relative est donc en quelque sorte un irréel au second degré.