Bonjour,
La seconde phrase est correcte, en utilisant le tour impersonnel. On pourrait aussi avoir :
Cette question est plus complexe qu'il ne paraît ou qu'il n'y paraît.
La première phrase, avec comme sujet personnel "elle", mis pour "question", me paraît plus douteuse à cause du "y" qui me semble inopportun. J'écrirais plutôt :
Cette question est plus complexe qu’elle pourrait paraître
ou
Cette question est plus complexe qu’elle pourrait le paraître.
Plus simplement :
Cette question est plus complexe qu’elle paraît/qu'elle le paraît.