(1) Après que tu auras fait tes devoirs, tu iras jouer est synonyme de quand / une fois que tu auras fait tes devoirs etc. et exprime la même certitude que tant que tu n'auras pas fait tes devoirs, tu n'iras pas jouer.

(2) Après que César avait / eut franchi le Rubicon est-il synonyme de quand / une fois que César avait / eut franchi le Rubicon et exprime-t-il la même certitude que tant que César n'avait / n'eut pas franchi le Rubicon, certainement pas. Voilà pourquoi de plus en plus de locuteurs disent fort justement après que César eût franchi le Rubicon. Il n'y a la plupart du temps avec après que pas plus de certitude qu'avec avant que, lui-même toujours suivi du subjonctif ; dans les deux cas c'est au même moment dans le passé que l'esprit de celui qui parle se place virtuellement, c'est-à-dire avant la réalisation de l'action introduite par après que ou avant que. Ni l'Académie ni les grammairiens ne peuvent placer l'esprit de celui qui parle comme ils l'entendent à la place de celui qui parle.

En (1) l'esprit du locuteur se place avant la réalisation de l'action mais exprime par son refus d'envisager la non réalisation de l'action sa ferme volonté qu'elle se réalise. En réalité il n'est pas encore certain de sa réalisation.

Que le tour au subjectif soit très vivace, nul n'en doute. Mais l'Académie croit probablement être dans son bon droit en distinguant ce qu'elle considère comme un bon usage (l'indicatif) et un mauvais usage (le subjonctif) ; partant de là, elle appelle ce dernier un emploi fautif, ce n'est qu'une question de définition.
Du reste, cet emploi du subjonctif est vivace, certes, mais récent, ce qui, pour l'Académie est un motif de suspicion : si l'indicatif a bien été suffisant et correct jusqu'à la fin du XIXe siècle, pourquoi son remplacement par le subjonctif ne serait-il pas considéré comme un mauvais usage ?
L'Académie ne tranche pas sur le fond des choses, sur la grammaire, dont elle n'a jamais été une professionnelle : elle se contente d'observer l'usage. Pour l'instant, sa position peut encore se tenir, parce que la plupart des ouvrages de référence continuent d'enseigner la "règle" de l'indicatif après "après que", et aussi parce que c'est un sujet, un des très rares sujets, où il me semble que les mises en garde répétées des grammairiens prescriptifs et de l'Académie aient été un peu suivies d'effet. J'ai le sentiment, purement pifométrique et qui mériterait d'être confirmé par des études statistiques, que dans la presse, l'indicatif qui me semblait quasiment perdu il  a vingt ans a retrouvé de la vigueur face au subjonctif. À force de relire des phrases avec l'indicatif, il se peut qu'on se remette ce tour dans l'oreille. Moi-même, qui ai utilisé exclusivement le subjonctif pendant les premières décennies de ma vie, j'étais horriblement choqué par le tour à l'indicatif, il me heurtait les oreilles. Aujourd'hui, les deux me vont !

Je trouve après que César avait franchi le Rubicon possible si l'on examine la situation effective après le franchissement, comme si l'on participait à l'examen de cette situation. Au présent cela donnerait maintenant que César a franchi le Rubicon.

Longtemps après que les poètes ont disparu crée un effet saisissant en plaçant le lecteur ou l'auditeur devant cette disparition des poètes. Si nous ressentons cet effet, c'est bien qu'il nous surprend.

Moi aussi j'essaie de ne jamais oublier le ne des négations y compris à l'oral. Mais je remarque des cas où je le saute et où il m'est difficile de ne pas le sauter. Cela me pose un problème dans la mesure où je veux réduire l'écart entre ma langue écrite et ma langue orale. J'estime que l'oral prime et que je n'ai pas d'autre choix que de le soigner si je veux limiter son écart avec l'écrit. C'est à ce prix que mon écrit peut ne pas trop s'écarter de mon oral. Notre âge peut beaucoup compter dans une telle attitude.

Vous avez peut-être raison, et si on remplace après que par dès lors que on admet plus facilement le plus-que-parfait.

Avec une petite nuance, néanmoins : la conjonction après que me semble seulement temporelle, tandis que dès lors que peut aussi être perçue comme causale et remplaçable par puisque.

L'article du Point est du 4 février, Libération en commet un autre le même jour tout comme France Info et Europe 1 et d'autres encore je suppose, celui de LCI/TF1 est d'à peine 24 heures avant. Une telle tempête qui se déchaine si rapidement...

Non,  la vidéo de la page que vous mettez en lien est tirée d'au moins une autre, du JT TF1 du 29 janvier.

http://lci.tf1.fr/jt-13h/videos/2016/ac … 11061.html

Le 29 janvier est un samedi, LCI fait son digest le jeudi suivant, fait réagir tweeter et la presse se déchaine le lendemain.

Si c'est TF1 qui cause on s'en fiche, si tweeter gazouille, le monde entier s'agite ? Le reportage est ce qu'il est mais il devrait mieux prêter à réaction que les bêtises des tweetomanes. Quel monde...

Non, le tour vivace (subjonctif) n'est pas fautif.

Il n'est pas davantage « contraire à la fonction du subjonctif » car le subjonctif n'a pas pour "fonction" « de représenter ce qui n'est pas réalisé, ce qui est douteux, incertain, éventuel ».
Dans la phrase : je suis ravi que tu sois guéri, la guérison est réalisée, incontestable, certaine et avérée — du moins aux dires du locuteur. Pareil avec : le fait que tu sois là me comble de joie.

Dans la phrase : je serais ravi si tu étais guéri, il n'y a que des indicatifs, pas de subjonctif, et pourtant rien n'est réalisé, tout est douteux, incertain, à peine éventuel.

Le Quai Conti, créature totalement politique et nullement linguistique, se croit autorisé à éructer des fatouas qui n'ont ni queue ni tête au niveau grammatical. En inversant la perspective, les grammairiens seraient tout à fait en droit de promulguer la dissolution immédiate de l'Académie, du Medef, de la Cour des comptes, de l'Union européenne, de la CFDT et de la Cinquième république.

D'accord à 100 % mais pas sur tout.

L'Académie est une excellente professionnelle quand il s'agit de tapiner pour se goinfrer de prébendes.
Sur l'observation de l'usage, la polémique sur le subjonctif montre qu'elle est myope dans le meilleur des cas.

La Cour des comptes a jugé « peu rigoureuse » la gestion de l'Académie française.