Oui, Abel, votre phrase, « J'ai l'habitude de soigner les lapins, les oiseaux, les chevaux ainsi que de petits mammifères » me paraît grammaticalement irréprochable. Mais je me demande si l'on ne doit pas mettre sur le même plan les oiseaux et les petits mammifères, possiblement sauvages, à la différence des lapins et des chevaux, animaux de la ferme.
Je préférerais donc « J'ai l'habitude de soigner les lapins, les chevaux ainsi que des oiseaux et de petits mammifères ».

Si l'auteur de la phrase met les quatre types d'animaux sur le même plan, ma préférence va aux quatre formulations :
• J'ai l'habitude de soigner les lapins, les oiseaux, les chevaux ainsi que les petits mammifères,
• J'ai l'habitude de soigner des lapins, des oiseaux, des chevaux ainsi que des petits mammifères,
• J'ai l'habitude de m'occuper de lapins, d'oiseaux, de chevaux ainsi que de petits mammifères,
• J'ai l'habitude de m'occuper des lapins, des oiseaux, des chevaux ainsi que des petits mammifères.
Il me semble que « ainsi que de » ne forme pas une unité lexicale : je crois qu'il faut considérer « ainsi que » d'une part et le groupe nominal qui le suit d'autre part.

j'ai laissé de petits mammifères car en effet ce n'est pas tous les petits mammifères, c'est vraiment juste certains en particulier

Comme à Abel, votre nouvelle formulation me convient bien. Une petite remarque : « des lapins », « des oiseaux » et « des chevaux » sont aussi restrictifs que « de petits mammifères », qui demanderait pareillement « des » en l'absence de l'adjectif « petits ».