Un coup de lexique.org et quelques exceptions :
constitutionnalité
fonctionnalité
institutionnaliser
sensationnalisme
légionellose
Légionellose est formée sur le nom latin de la bactérie - legionellaceae - l'exception n'en est pas une.
Par contre nous avons bien nationalisme/sensationnalisme, nationalité/constitutionnalité. On peut trouver toutes les explications que l'on veut, mais l'orthographe des doubles consonnes, c'est insoluble.
Le truc par l'existence du suffixe en -el ne fonctionne pas - rationnel/rationalité vs fonctionnel/fonctionnalité. Il faudrait se poser la question du substantif de base - ratio latin vs fonction français - mais je doute que cela suffise car l'anglais s'en mêle : dans la série action, actionnel, actionalité, je suppute que le troisième ne dérive pas du second mais arrive directement de l'anglais.