Ayant aussi essayé de comprendre pourquoi il n'y a pas de "S" à l'impératif de certains verbes, voici la question que j'ai posée à l'Académie française via leur site internet :

Ma question porte sur l'orthographe de l'impératif. Je voudrais savoir pourquoi les verbes en -er et aller ne prennent pas de "S" à la deuxième personne du singulier. En fait, on a l'impression qu'on remplace le "tu" par le "il".

C'est une source d'erreur régulière, tant de la part des étrangers que de celle des Français et on me pose souvent la question. Quels sont l'historique et l'explication de cette règle ? Je cherche la réponse à cette question (dans des grammaires, en posant la question, sur internet) depuis longtemps sans succès jusqu'à présent. J'espère donc de tout cœur avoir plus de chance avec vous.

Et voici la réponse reçue :

        Il s’agit de l’évolution phonétique normale des formes latines de l’impératif : ama en latin a donné aime. En réalité, l’impératif deuxième personne du singulier en latin ne comportait pas de s : ama mais aussi lege, cope, audi (lis, prends, entends). En ancien français, les formes de l’impératif ne présentaient pas de s, sur le modèle du latin : dure, entre mais aussi dorm, ri, voi. En revanche, certaines formes comportaient un s car ce dernier appartenait au thème du verbe (c’est-à-dire au radical) comme conois (conoistre, « connaître »), nuis (nuisir, « nuire »). L’influence de ces formes et l’identité au pluriel des désinences de l’impératif et de l’indicatif présent, a favorisé la création, par analogie, de formes en –s au singulier (dors, vois, ris) qui s’imposeront en moyen français et seront conservés en français moderne pour les verbes des 2e et 3e groupes.

Pour le "S" à "manges-en", il me semble que c'est une question d'alternance consonne / voyelle assez classique en phonétique française.