Là, c'est vraiment un cas difficile où l'usage n'a pas encore vraiment tranché, quoiqu'il penche plus fortement d'un côté que de l'autre.
Il y a plusieurs logiques qui s'affrontent.
On doit probablement distinguer deux cas, selon que le second élément est un adjectif ou assimilé, et un nom.
Quand c'est une adjectif, il me semble qu'il n'y a pas de difficulté à considérer le composé multi+adjectif lui-même comme un adjectif régulier s'accordant en genre et en nombre : des glandes multilobées.
Quand c'est un substantif, il y a à nouveau deux cas, selon que l'on considère --comme beaucoup d'utilisateurs-- le second élément comme un élément à mettre toujours au pluriel (ce sera alors la seule forme du mot, au singulier comme au pluriel : une télévision multicanaux, des télévisions multicanaux), ou que l'on considère que le second élément n'a pas à être multiplié (cf. messages 2 et 4) ; dans ce cas, la forme au masculin singulier est multicanal). Mais là encore, deux cas, selon que l'on considère que sous cette forme, on a affaire à un adjectif "normal" qui s'accorde en genre et en nombre, d'où multicanale, multicanaux et bien entendu multicanales, ou bien à un adjectif de type spécial soit totalement invariable (on ne voit pas bien pourquoi, mais bon !), soit variable en nombre mais pas en genre (là non plus, on ne voit pas bien pourquoi, mais on peut le comprendre surtout pour les adjectifs dont la forme au féminin est trop marquée phonétiquement par rapport a masculin).
En résumé, votre directeur considère probablement "multicanaux" comme la forme universelle du mot, y compris au singulier, et son emploi dans "Pôle éditions et mises en forme multicanaux" est logique.
Vous considérez l'adjectif au singulier comme étant "multicanal" et alors vous avez raison de vouloir accorder "éditions et mises en forme multicanales".
Je dois dire que, bien que la logique me pousse à préférer cette dernière forme, mon oreille a moins de mal avec la première. Cruel dilemme. C'est que, semble-t-il, l'usage soit plus nettement pour cette première forme ; il suffit de comparer par exemple le nombre d'occurrences de "télévision multicanaux" avec "télévision multicanale" sur Google.