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Avouons gentiment donc qu'il n'y aura jamais de réponse définitive à cette question sans être dans la tête de la personne (possible de faire dans un texte littéraire?). Si l'on se sert du subjonctif dans un cas dit "facultatif" (bascule subjonctif/indicatif possible), c'est soit par habitude, soit par goût (sonne plus joliment), soit par considération linguistique (mettre du subjonctif dans la phrase = y insérer une petite touche de doute ou de quelque autre émotion).

L'auteur du message qui précédait le mien.
Une main anonyme l'a supprimé, mais a négligé d'effacer également ma réplique pourtant devenue sans objet.

Qui est troll ? Moi ?

Coucou, le revoilou !
C'est un troll...

Un certain nombre d'adjectifs - connus - fabriqués à partir de formes verbales ne sont pas dans les dicos.

Un certain nombre de verbes introducteurs donc impliquent le subjonctif (la nécessité, la volonté, les sentiments, etc.) tout comme certaines conjonctions :

Puisque introduit une cause évidente ("Fais la vaisselle, puisque tu es là"), aucun rapport avec pour que qui introduit un objectif (donc à la réalisation incertaine). Impossible à ma connaissance de le faire suivre d'un indicatif.

Dans votre exemple on peut de toute façon justifier le subjonctif par le déphasage entre ce que pense celui qui parle et la réalité (encore une fois, cela me semble la caractéristique de base du subjonctif) : il ne comprend pas que la réalité ne soit pas en accord avec ce qu'il croyait. Mais il s'agit toujours d'un but à atteindre qui, dans ce cas, l'a été.

Mais non, ma justification ne tient pas la route  : "Pour que ce tunnel soit enfin terminé, ils ont mis 15 ans". C'est simplement l'expression de l'objectif qui entraine le subjonctif.

Ici, c'est le cas classique. Mais j'aurais écrit « afin que »

Merci, cette notion de verbe introducteur m’apporte des réponses.
Il faudrait faire une petite place à l’adjectif « introducteur »  dans les dicos.
Autre chose :
Il me semble que la conjonction de coordination « pour que » à une particularité sur laquelle les grammaires n’attirent pas l’attention.
Je veux parler du « pour que » qui prend parfois le sens de « puisque ».
Exemple :
—Félicitations, tout est prêt! Comment avez-vous fait pour que tout soit prêt ?
Ici, bien qu’il ait à peu prés le sens de « puisque », on fait suivre « pour que » du subjonctif.
—Débrouillez vous pour que tout soit prêt !
Ici, « pour que » a à peu prés le sens de « à fin que », ce qui justifie mieux le subjonctif.

les verbes introducteurs expriment des sentiments, donc tous relatifs : ce n'est pas parce que l'un en éprouve dans une situation donnée que les autres ressentiront la même chose. Vous avez aussi :

- Je trouve normal que la terre soit ronde.

la normalité aussi est relative.

Dans ces cas, il n'y a pas d'alternance entre indicatif et subjonctif.

Je remarque que l’expression d’un doute justifie généralement  l’utilisation du subjonctif, pourtant, j’entre-aperçois autre chose.

Dans la phrase suivante:
—Comment expliquer que la Terre soit ronde ?
Même si la personne qui s’exprime présente la rotondité de la Terre comme un fait indéniable, il n’en pose pas moins une question.
Le contexte interrogatif n’incite-il pas à l’utilisation du mode subjonctif ?
Si le premier verbe exprime une question, le second, lorsqu'il est introduit par que, semble destiné au mode subjonctif. A moins que ce soit plus généralement la nature spéculative du premier verbe à l’égard du second qui incite à l'usage du subjonctif.

Exemples :

—Je constate que la terre est ronde. (aucun avis exprimé.)
—Je déplore que la terre soit ronde. (avis exprimé, qui n’est pas un doute.)

—Je constate que vos fuchsias sont tous fleuris. (aucun avis exprimé)
—Je me réjouis qu’ils soient tous fleuris. (avis exprimé, qui n’est pas un doute.)

Je vais essayer de réfléchir à une formulation globale de ce phénomène.